نامه آیت الله طاهری به هاشمی رفسنجانی انتشار یافت. دراین نامه که مضمون آن حمایت از پیشنهادهای هاشمی رفسنجانی در نماز جمعه تهران است؛ آمده:

چنانچه مستحضرید شرایط بسیار خطیر و دردناک کنونی که کیان و اسلام و کشور و جان و شرافت مردم را مورد آماج قرارداده است ناشی از فاصله گرفتن عده ای زیاده خواه و قانون گریز از مبانی و اهداف انقلاب و اسلام می باشد که در صورت بی توجهی به عواقب آن، آثار سؤ و غیرقابل جبرانی برای انقلاب و کشور عزیز به ارمغان خواهد آورد.

امام (ره) بارها وقوع چنین خطری را از این ناحیه پیش بینی می نمود و به زبان و قلم متذکر می شد اما متاسفانه وقتی هشدارهای آن پیر خردمند جدی گرفته شد که فراگیری ظلم و انحراف کشور را مورد هجمه قرار داد و خسارات فراوانی بر پیکر مردم سالاری دینی و انقلاب اسلامی وارد نمود.

در این برهه حساس روحانیت در آزمونی سخت قرار دارد. اگر نسبت به اعمال و رفتار غیرقانونی و ضد اسلامی این طایفه افزون طلب و دنیاپرست بی تفاوت و یا کم اثر باشیم قطعاً مورد مؤاخذه خداوند و معاقب قضاوت تاریخ و مردم خواهیم بود چرا که مشروعیت همه ارکان و افراد در این نظام تنها به عمل به شرع مقدس و فرامین الهی است و در صورت تخطی از این قاعده هیچ کسی صلاحیت بقا در منصب و مقام خود را ندارد. این روزها متعاقب انتخابات مشکوک سیل دستگیری ها و تضییقات و رفتارهای خشونت بار و حتی شکنجه و قتل  اسرا ذهن هر انسان آزاده ای را متألم و مشغول نموده است.

ازحضرتعالی و همه نخبگان انتظار می رود برای پایان دادن به این فاجعه تدبیری اندیشیده و قبل از آن که دامنه آن حیثیت نظام و روحانیت را مورد هجمه بیشتر قرار دهد نسبت به مهار آن اقدام گردد.