چند تن از علمای بلند پايه مقيم حوزه علميه قم برای رهبر جمهوری اسلامی پيام فرستاده و از روند انتخابات مجلس آينده بشدت انتقاد كرده اند. آنها در پيام و يا نامه خود به رهبر، خواهان چاره ای اساسی برای شورای نگهبان كنونی شده و ضرورت جابجائی فقهای اين شورا با فقهای ديگری را خواستار شده اند. همين علما در پيام و يا نامه خود از نظامی شدن اوضاع كشور و پيشی گرفتن نظر و خواست فرماندهان نظامی بر نظر و خواست
لمای دينی انتقاد كرده اند كه اين امر مستقيما به شخص رهبر باز می گردد كه فرمانده كل قوای نظامی كشو راست.

آنها يادآور شده اند كه از يكه تازی "هياتی ها" (جمعيت تازه حزب شده موتلفه اسلامی) در كشور راضی نيستند و امور به گونه ايست كه باعث نگرانی جدی است.

اين روحانيون و علما كه همگی مقام مذهبی برتری نسبت به مقام مذهبی رهبر و فقهای شورای نگهبان دارند تلويحا خواهان مشورت با آنها برای انتخاب تعداد ديگری فقيه برای قرار گرفتن در شورای نگهبان شده اند. در صورت صحت تمامی اين اخبار، فصل جديدی در كشاكش حكومتی بر سر اصلاحات و مجلس آينده آغاز شده است كه در آن مرزبندی های مذهبی نيز وارد شده است. اين احتمال كه سخنرانی های اخير فرماندهان نظامی در شهرها – بويژه شهر قم و فرمانده يك تيپ نظامی بنام حجت الاسلام "ذوالنور" كه دراين شهر بی وقفه سخنرانی های تحريك آميز عليه مجلس می كند و بيم از نظامی شدن مجلس آينده و همچنين ورود آيت الله سيستانی در نجف به عرصه سياسی و افزايش اعتبار وی در عراق همگی انگيزه های پرقدرتی برای اعتراض ها و نگرانی های روحانيون بلند پايه ايران شده باشد. اتهامات سخيف هيات های نظارت شورای نگهبان به رد صلاحيت شدگانی كه در ميان آنها روحانيونی معتبر قرار دارند نيز می تواند اعتراضات اخير را موجب شده باشد.