رييس جمهور گفت:

معتقديم اعضای سازمان مجاهدين خلق كه درعمليات تروريستی شركت نداشته اند می توانند به ايران برگردند زيرا فرزندان ما هستند و بر همين اساس با رافت و رحمت با آنها برخورد مي‌كنيم. اگر كسی جرمی هم مرتكب شده باشد، بايد عادلانه محاكمه شود.
,خاتمی كه در حاشيه همايش بين‌المللی ”جهان اسلام، چالش‌ها و فرصت‌ها“ درباره احتمال پناهندگی و فرستادن منافقين در عراق صحبت می كرد افزود:

آمريكا بايد رفتاری كه با ساير تروريست‌ها دارد با منافقين نيز داشته باشد و نبايد در اين خصوص تبعيض قائل شود.  پيشنهاد ما اين است كه آنها به ايران برگردند؛ به خصوص كسانی كه دستشان به خون آلوده نيست.
خاتمی درباره تهديدات آمريكا عليه سوريه و ايران گفت:

اين تهديدات هميشه وجود داشته است و چيز تازه‌ای نيست ما بايد در كنار يكديگر باشيم و بهانه‌ای به دست آنها ندهيم.  البته آمريكا  هم در وضعيتی نيست كه بخواهد تهديداتش را عملی كند و اگر اين توان را داشته باشد كه دامن خود را از توفانی كه در عراق ايجاد شده خارج كند كار بزرگی كرده است.
 خاتمی در باره تهديد های  اخير وزير دفاع  اسرائيل مبنی بر حمله نظامی به تاسيسات اتمی و نظامی ايران گفت: اسرائيل غلط  می كند!

تهديد اساسی كه متوجه ما مسلمان است تاخير و تعلل در تحقق آزادی و عدالت و مردمسالاری بر پايه دين است.
بايد بتوانيم به عنوان بازيگرانی آزاد، آگاه و مقبول در صحنه جهانی نقش ايفا كنيم و در جهان امروز از هر نظر نه مصرف‌كننده صرف باشيم و نه محال‌انديش منزوی . .
گسترش دم‌افزون ابزارها و امكانات داد و ستد اطلاعاتی و علمی و گردش شتابنده چرخه آگاهيهای بشری، اين توان ارزنده را در اختيار انديشمندان معاصر نهاده است كه در كوتاه ترين زمان، يافته‌های فكری خويش را با بهترين شيوه، در ديدرس نقد و ارزيابی همگان قرار دهند و بازخورد آن را در جامعه و جهان ببينند.  

اگر جز اين باشد و كسانی كژانديش درصدد آن برآيند كه چهره در قالب خشونت و تروريسم نهان كنند و يا راه خودكامگی و استبداد برگزينند يا سر بر آستان قدرت‌های سلطه‌طلب بسايند، تنها آب به آسياب دشمنان اسلام مي‌ريزند. در اين چشم‌انداز خودكامگی تحجرآميز در افغانستان ديروز و ديكتاتوری سابق حاكم بر عراق كه باعث بروز سياستهای افراطی دولت آمريكا و به ويژه تجاوز به سرزمينهای اسلامی افغانستان و عراق شده برای همه ما گويا و گواه است.