رهبر جمهوری اسلامی، سرانجام پس از تاخيری چند هفته ای و با اوج گرفتن تحرکات نيروهای وابسته به جناح راست در مخالفت با امضای پرتکل الحاقی، در حمايت از نتايج کنفرانس تهران سخنرانی کرد. وی در ديدار رييس جمهور، رييس مجلس، رييس قوه قضاييه، رييس مجمع تشخيص مصلحت نظام، اعضای هيات دولت، نمايندگان مجلس شورای اسلامی، مسوولان قضايی، فرماندهان عاليرتبه نظامی و ديگر مسوولان نظامدر باره  پروتكل الحاقی گفت:

آنچه اتفاق افتاد كاری درست و تدبيری برای درهم شكستن توطئه‌ی آمريكا و صهيونيست‌ها بود و اگر طرف‌های گفت و گو با ما يا مراكز قدرت جهانی زياده‌خواهی كنند و ما به نقطه‌ای برسيم كه منافع كشور و ارزش‌های نظام بخواهد مورد خدشه قرار گيرد بدون هيچ ترديدی اين روند را قطع خواهيم کرد.

نظام اسلامی با درايت و تدبير، روشی را انتخاب كرد تا ضمن حفظ فناوری هسته‌ای، فعاليت‌های هسته‌ای خود را در معرض بازديد قرار دهد و به اين وسيله تبليغات دروغ آمريكايي‌ها و صهيونيست‌ها را افشا كند.

حركت اخير يك كار سياسی، ديپلماتيك و يك گفت و گو و قرارداد بود و هيچ تسليمی در آن وجود ندارد.

اين مسئله نبايد به وسيله‌ای برای ايجاد اختلاف و دو دستگی تبديل شود كه در اين زمينه نخبگان، مسوولان، مطبوعات، نمايندگان مجلس، ائمه‌ی جمعه و كسانی كه به تريبون‌ها دسترسی دارند، مسووليت بسيار سنگينی دارند.

البته، كاری كه دولت مي‌كند مقدمه است و بر اساس قانون، تصميم‌گيری نهايی در مورد پروتكل الحاقی برعهده مجلس است. ضمن آنكه شورای نگهبان نيز مانند هر قرارداد ديگری، آن را با شرع و قانون اساسی مطابقت خواهد داد.

من از دقت و زحماتی كه آقای خاتمی رييس جمهور، آقای روحانی دبير شورای امنيت ملی و ديگر دست‌اندركاران كه تصميم‌گيری اخير را انجام داده‌اند کشيدند تشکر می کنم. تاكنون كاری بر خلاف مبانی و اصول انجام نشده است.

رهبر جمهوری اسلامی در بخش ديگری از سخنان خود تشويق مردم به شركت در انتخابات هفتمين دوره مجلس را وظيفه مسوولان دولت، نمايندگان مجلس و ديگر مسوولان خوانده و گفت: مسوولانی كه خود را امين نظام مي‌دانند بايد بر اساس مصالح نظام سخن بگويند.
علی خامنه ای با تاكيد بر لزوم برگزاری انتخاباتی آزاد، سالم و مطابق قانون گفت: مردم و جوانان ما بسيار خوب و فهيم هستند و هم‌چون 23 انتخابات قبلی در انتخابات مجلس هم شركت مي‌كنند.

 رعايت نكردن حدود قانون به فساد مالی يا تعارض و اختلاف دستگاه‌های منجر مي‌شود و همه بايد از آن پرهيز كنند.

دراين ديدار محمد خاتمی نيز گفت:

ادامه سياست تنش‌زدايی، بهانه ندادن به دشمن و عزم و وحدت ملی از شروط تسريع حركت در مسير پيشرفت است.  مردم‌سالاری دينی تجربه‌ اختصاصی جمهوری اسلامی ايران است و از ديگر لوازم سرعت بخشيدن به حركت به سوی پيشرفت، استواركردن پايه‌هاي

مردم‌سالاری دينی در كشور است.

دشمنان ملت ايران و در راس آنها آمريكا و اسرائيل، همواره تلاش داشته‌اند و دارند تا از راههای گوناگون مانع پيشرفت نظام اسلامی ايران و موفقيت الگوی مردم‌سالاری دينی در ايران شوند و هياهو و جنجال‌های اخير در زمينه فن‌آوری هسته‌ای ايران نيز در همين جهت است.
 دشمنان در توطئه‌ای از قبل طراحی شده، تلاش داشتند تا با تبليغات گسترده، چنين القاء نمايند كه ايران درصدد دستيابی به سلاح هسته‌ای است تا افكار عمومی جهان را ضد ايران بسيج نمايند، اما با كمك خداوند و با كارشناسی و شجاعت در تصميم، مسيری طی شد كه دشمنان قسم‌خورده نظام اسلامی نيز به تدبير و درايت ايران اعتراف كردند.
 به رغم فشار اروپاييان برای توقف كامل همه‌ی فعاليت‌های مرتبط با غني‌سازی، جمهوری اسلامی ايران با ايستادگی توانست آنان را وادار به قبول تعليق داوطلبانه غني‌سازی اورانيوم نمايد.
آقای خاتمی ضمن قدردانی از تلاش‌های هوشمندانه و تدبير آقای روحانی، دبير شورای عالی امنيت ملی و هم‌چنين زحمات وزارت امور خارجه و سازمان انرژی اتمی، افزود: البته در كشور ما نظرات مختلفی وجود دارد و ما هم همواره از نقد منطقی استقبال مي‌كنيم اما اين نقد بايد با آگاهی از تمام جوانب و با استدلال صحيح همراه باشد.