خاتمی در باره پرونده زهرا كاظمی گفت:

وزارت اطلاعات قطعا نپذيرفته که مقصر است، من نمي‌توانم راجع به موضوعاتی كه مربوط به قوه قضاييه است و نمي‌دانم پرونده‌اش چيست دخالت كنم، ولی همواره گفته‌ام و وزارت اطلاعات معتقد است روال طی شده روال درستی نيست. حتی كيفرخواست را به خود متهم و وكيل نداده اند. ما خواستار محاكمه آزاد و علنی كه همه جهات قضيه را در نظر بگيرد بوديم.
وزارت اطلاعات معتقد است به آن جفا شده، من نيز روال را درست نمي‌دانم، اميدوارم بتوانيم به روال درستی برسيم. اصل قضيه مهم است و بايد مشخص شود كه چه كسی مرتكب اين عمل شده است و به حيثيت ما در عرصه داخلی و بين‌المللی لطمه زده است. اميدوارم اين پرونده زمينه‌ای شود برای فعاليت خبرنگاران با امنيت بيشتر. چرا از ميان نيروهايی كه در معرض اين مساله بوده‌اند، همه‌ را مورد بازجويی قرار نداده‌اند و فقط دو نفر بازجويی شدند. دوم اين‌كه اين كيفرخواست چگونه تهيه شده و چگونه است كه قبل از تشكيل دادگاه متهم و وكيل متهم اصلا از كيفرخواست اطلاع ندارند.

خاتمی در زندانيان گفت:

آنچه من خواسته و مي‌خواهم تنها اجرای قانون است. نمي‌گويم اگر كسی متهم است نبايد با او برخورد شود، بلكه بايد بر اساس ضوابط و موازين باشد و معتقدم اين موازين الان رعايت نمي‌شود. حتی متهم هم حقوقی دارد.

وی گفت: اگر بخواهيم قانون اساسی رعايت شود بايد با حضور هيات منصفه و طبق قانون اساسی دادرسی انجام شود؛ در غير اين صورت قانون رعايت نشده است.

خاتمی گفت: من درباره همه زندانيان بدون دخالت در ماهيت قضيه اقدام كرده‌ام، فكر مي‌كنم در مدت گذشته حدود 40 مورد نسبت به زندانيان سياسی اقدام شده و برخی اثر داشته است.
رييس جمهوری در خصوص روزه سياسی نمايندگان گفت: اگر روزه با نيت قربت باشد و برای خدا، خداوند قبول مي‌كند.خاتمی درباره پروتكل الحاقی و آخرين اقدامات انجام شده، اظهارداشت:

پروتكل را، مجلس شورای اسلامی بايد تصويب كند، اگر دولت هم آن را امضا كند بايد به مجلس بيايد و درباره آن بحث شود؛ روال قانونی اين است.

 ما نگفته‌ايم پروتكل را نمي‌پذيريم، اما مانند همه دنيا كه برای حاكميت ملي‌شان ارزش قائلند، هيچ معاهده‌ا‌ی را كه امنيت ملی را به خطر بياندازد، نبايد انجام دهيم.
 
خاتمی در پاسخ به اين‌كه آيا از مجلس شورای اسلامی درباره پروتكل مشاوره گرفته شده است؛ گفت: مشاوره مي‌گيريم، نظرات آنها نيز به ما مي‌رسد، قرار نيست در هر مرحله مشاوره بگيريم، اگر ما تصميم گرفتيم در نهايت مجلس شورای اسلامی بايد تصويب يا رد كند.
 خاتمی در خصوص شركت مردم انتخابات مجلس هفتم تاكيد كرد:‌ تلاش خواهيم كرد كه انتخابات با آزادی و در چارچوب قانون برگزار شود؛ اگر قانون رعايت شود بسياری مسايل حل مي‌شود.

رييس جمهور در ادامه گفت‌وگو با خبرنگاران پارلمانی اظهار داشت: با همين قانون موجود كه مجمع تشخيص نيز تصويب كرده است بسياری مسايل حل خواهد شد. مهم اين است كه به مردم اعتماد دهيم انتخابات آزاد است، و راي‌شان مورد توجه قرار مي‌گيرد؛ اگر اين نباشد مردم رغبت زيادی به شركت نخواهند داشت.

وی هم‌چنين در پاسخ به پرسشی در خصوص عدم اجازه اظهارنظر به نمايندگان در مورد پروتكل الحاقی، اظهار داشت: هيچ كس نگفته كه نمايندگان حق اظهار نظر ندارند، اكنون نيز در اين خصوص صحبت مي‌كنند. من بخشنامه را نديده‌ام. اما در هيچ جای دنيا اجازه نمي‌دهند در خصوص مسايل مربوط به امنيت ملی هر كسی هر چه خواست بگويد.

اگر شورای امنيت ملی تشخيص بدهد كه مغاير با امنيت ملی است، همه بايد انجام دهند. اين به معنای آن نبود که حق انتقاد و اعتراض نيست، بلكه مي‌‌توانند به رهبری يا به من نامه بنويسند و صحبت كنند؛ در شورای عالی امنيت ملی سران سه قوه، از جمله رييس مجلس هستند و

نظرات را منعكس مي‌كنند. ما حداقل بايد قبول داشته باشيم كه آن رويكردی كه آمريكا و

انگليس نسبت به امنيت ملي‌شان دارند ما نيز داشته باشيم.

رييس جمهور در پاسخ به اين پرسش ‌كه برخی نمايندگان مانند آرمين و ميردامادی گفتند در فرآيند تصميم‌گيری مجلس شركت ندارد، از جمله درباره پروتكل؛ گفت:

الان نوبت مجلس نيست؛ وقتی ما بررسی كرديم، مجلس تصويب مي‌كند، نظر مجلس برای ما محترم و مصوب است، و اطلاعات موجود را دارند و ما هيچ اطلاعات مخفی نداريم.
وی گفت: من در نامه به رييس مجلس نوشتم مطالبات ما چيست.

خاتمی در خصوص استعفای نظاميان برای شركت در انتخابات گفت: اگر استعفا دهند اشكالي

ندارد، اما دخالت نظاميان و اطلاعات در انتخابات به هر صورت، مخفی يا آشكار مجاز

نيست، و با آن برخورد خواهد شد.

خاتمی در پاسخ به سوالی كه آيا در صورت رد لوايح آن را پس مي‌گيرند، گفت: من هيچ‌گاه لوايح را پس نمي‌گيرم و به مجمع هم نمي‌دهم؛ ولی اعلام مي‌كنم من اين اختيارات را مي‌خواستم و نشد، اما درباره اقدام بعدی هنوز تصميم نگرفته‌ام.

وی در پايان در پاسخ به اين‌كه برای احيای پايگاه از دست رفته مردمی خود چه خواهد كرد، گفت:

من نمي‌دانم معنای حرف شما چيست؛ البته اگر به انديمشك و دزفول مي‌آمديد، مشاهده

مي‌كرديد كه چه خبر بود.

 وی گفت: فقط با درايت رياست محترم قوه قضاييه اين مساله به نتيجه درست مي‌رسد كه هم از نظر بين‌المللی و هم از نظر داخلی، هيچ شك و شبهه‌ای در آن نماند.
 خاتمی در ادامه، درباره مشاركت مردم در انتخابات گفت: مشاركت مردم در اثر ارتباط آنان با انتخابات و وجود يك فضای مناسب به جای مچ‌گيری و اطمينان به اين‌كه در اين مملكت به مردم خدمت خواهد شد، و حقوق و آزادي‌های مشروع آنان تامين مي‌شود، به دست مي‌آيد. مردم هم بايد بدانند كه شركتشان موثر است و تحت هر شرايطی {حتي} به صورت عمدی، بالاخره خواست خود را تحقق مي‌بخشند و اكثريتی را فراهم مي‌آورند كه مورد خواستشان است.

رييس‌جمهور درباره دفاتر نظارتی خاطرنشان كرد: دفاتر نظارتی مربوط به زمانی است كه هيات‌های نظارتی نباشند. آن‌چه طرف ماست هيات‌های نظارتی است كه به صورت قانونی تشكيل شده است و وزارت كشور و دولت با آنها همكاری مي‌كنند و در حال حاضر موضوع دفاتر منتفی است.

 رييس‌جمهور در ادامه درباره غني‌سازی اورانيوم گفت: غني‌سازی اورانيوم طبق قوانين، حق مسلم ماست. البته دنيا هم حق دارد كه مطمئن باشد ما آن را در مسير سلاح‌های اتمی به كار نمي‌بريم. بنابراين ما آماده‌ايم همه تلاشمان را برای رفع نگرانی آنها كه خيرخواهانه نگران گسترش سلاح‌های اتمی هستند، انجام بدهيم.

خاتمی خاطرنشان كرد: همه دوستانی كه موافق پذيرش پروتكل هستند و آنهايی مي‌گويند نبايد پذيرفت بر دو اصل اتفاق دارند؛ يكی اين‌كه حق برخورداری از تكنولوژی صلح‌آميز حق ماست و ديگر اين‌كه امنيت و حاكميت ملی برای ما مهم است. حال بايد ديد كه با پذيرفتن چنين چيزی تامين مي‌شود يا با نپذيرفتن.

رييس‌جمهور هم‌چنين در پاسخ به سوالی درباره اپوزيسيون گفت: آزادی يعنی آزادی مخالف؛ زيرا آزادی موافق كه آزادی محسوب نمي‌شود. برای ايجاد اين فرهنگ و انتقادپذيربودن حكومت ـ كه الحمدالله معمولا فقط دولت است كه هرچه انتقاد شود، مشكلی برای كسی پيش نمي‌آيد ـ تلاش كرده‌ايم. مطمئن باشيد با همه چه موافق و چه مخالف، چه كسی كه به من يا دولت انتقاد كرده است، اقدام و مذاكره كرده‌ام و {در موارد تخلف از قانون} اخطار قانون اساسی داده‌ام كه بعضی جاها هم موثر بوده است، منتهی بايد در طول زمان ياد بگيريم كه چگونه فرهنگ مردم‌سالاری را پياده كنيم.