برای نخستين بار، آيت الله منتظری در يک اظهار نظر صريح و مدلل خواهان برگزاری يک رفراندوم برای تعيين نوع حکومت در ايران شد. او درعين حال با قاطعيت گفت که مردم ايران مسلمانند و بی شک به حکومت و قانون اساسی که غير اسلامی باشد رای نخواهند داد، اما قانون اساسی کنونی نيز تا تکليف حاکميت در يک رفراندوم عمومی معلوم نشود از سوی مردم لازم الاجرا نيست. با توجه به موقعيت و منزلت مذهبی آيت الله منتظری و جمعيت عظيم مقلدان مذهبی او در ايران، آنچه که وی در باره ضرورت برگزاری رفراندوم نوع حکومت و لازم الاجرا نبودن قانون اساسسی کنونی بيان داشت، می تواند برای مقلدان وی فتوا و تکليف مذهبی تلقی شود.

آيت الله منتظری که برای اعضای شورای شاخه صنوف جبهه مشاركت، روز جمعه در قم سخن می گفت، اضافه کرد:

بايد سعی كنيم احزاب در كشور جا بيفتد، همانطور كه در زمان پيامبر عشاير و قبايل فعال بودند حالا احزاب بايد فعال باشند نه اينكه در كشور ما تا حزب جا می افتد يك عده آنرا خراب كنند و نبايد كسانی در صدد باشند تا احزاب را خراب كنند. بايد يك حزب در تمام ايام فعال بوده و همواره مراقب حكومت باشد و بايد احزاب در جامعه اينقدر قدرت داشته باشند كه اگر دولت ناتوان باشد بتوانند عوض كنند.

بنده در بازنگری قانون اساسی به اصل ولايت مطلقه رأی ندادم. آقايان در دفاع از قانون اساسی فقط به اصلی كه در آن به ولايت مطلقه اشاره شده استناد می كنند و بقيه اصول قانون اساسی خصوصاً اصولی كه مربوط به حقوق مردم هست را رها كرده اند.

آقای خمينی در اول انقلاب گفت «پدران ما چه حقی داشتند برای ما تصميم بگيرند» و حالا جوانان و هفتاد و پنج درصد از جمعيت فعلی كشور در تصويب قانون اساسی حضور نداشته اند و بر اساس منطق، حق دارند حكومت خود را برگزينند و بايد رفراندوم برگزار شود تا مشخص شود مردم چه حكومتی را می خواهند. البته مردم ما مسلمانند و حكومت غيراسلامی را انتخاب نخواهند كرد و تا زمانی كه اين امر تحقق نپذيرد قانون اساسی الزام آور نخواهد بود.

آيت الله منتظری در مورد مجلس ششم و مقاومتی که شورای نگهبان و مجمع مصلحت در برابر آن کرده اند گفت: آقای خمينی همواره اصل را مجلس و ملت می دانست ولی آقايان اصلاً اين را قبول ندارند.

آيت الله منتظری در ارتباط با مسئله رابطه با آمريكا، برقراری اين مناسبات را منوط به نظر كارشناسان مربوطه دانست و اظهار داشت: مجلس يا مردم بايد در اين مورد تصميم بگيرند.

اشغال سفارت آمريكا در تهران تعرض به خاك كشور ديگر بود و اگر من هم در مورد اشغال سفارت چيزی گفتم اشتباه كردم و اگر كسانی ديگر هم مرا نقد كنند از آن استقبال می كنم و شما هم به من انتقاد كنيد.

پيرامون دادگاه ويژه روحانيت نيز آيت الله منتظری گفت: دادگاه انقلاب و دادگاه ويژه روحانيت در قانون اساسی نيامده است و احكام آنها غير الزام آور است.

آيت الله منتظری در اشاره به نقش اين دو دادگاه در جمهوری اسلامی گفت: من كه از پايه گذاران اين انقلاب بودم اينقدر حق ندارم يك حسينيه داشته باشم و برای شاگردانم روضه بخوانم و وقتی به من اينقدر ظلم می شود حساب بقيه افراد مشخص است.

آيت الله منتظری به سخنان و افشاگری های اخير سيدحسين خمينی و سيد ابراهيم نبوی اشاره كرد و گفت: وقتی در داخل كشور اين افراد نتوانند يا اجازه نداشته باشند بصورت ملايم تری انتقاد كنند در خارج از كشور تندتر انتقاد خواهند كرد.