سازمان امنیت موازی که در قوه قضائیه متمرکز است، دو ستاد جدید در تهران برپا کرده است. ستاد اول به سبک فرمانداری نظامی دوران تیمور بختیار در کودتای 28 مرداد در کلانتری میدان نیلوفر واقع در خیابان نیلوفر تهران مستقر شده است. این کلانتری جنب مسجد الرضا قرار دارد و بسیاری از دیدارها و احضارها در همین مسجد سازماندهی شده و همآهنگ می شود.

ستاد دوم در کلانتری ونگ واقع در ده ونک مستقر شده است. این کلانتری هم مانند کلانتری میدان نیلوفر مستقیما زیر نظر سازمان امنیت موازی عمل می کند و هر دو از نظر قضائی تحت نظارت سعید مرتضوی فعال اند.

به این ترتیب اداره اماکن که تاکنون ستاد مرکزی سازمان امنیت موازی برای پرونده سازی علیه اصلاح طلب های داخل حاکمیت، روزنامه نگاران، فعالان هنری و هنرمندان کشور بود و محل آن برای همگان آشکار شده بود، به این دو کلانتری منتقل شده است. با این انتقال سعی می شود شکل حقوقی به فعالیت سازمان امنیت موازی بدهند و ارتباط آن را بصورت قانونی با دادسرای مرکز و قاضی مرتضوی برقرار کنند تا ایراد قانونی به فعالیت های آن وارد نباشد. این تصمیم بویژه پس از اعتراض چند باره و صریح هفته های اخیر محمد خاتمی به وجود تشکیلات موازی امنیت گرفته شده است.