محمد بسته‌نگار از بنيانگذاران "ائتلاف ملی مذهبی ايران" كه بنيانگذاران اين ائتلاف در خانه وی دستگير شدند، در ارزيابی از عملكرد دولت خاتمی گفت:

در فضای سياسی ايجاد شده بعد از دوم خرداد سطح آگاهی مردم به حدی افزايش يافت كه با هيچ‌يك از دوره‌های پيشين - حتی با دوران دكتر مصدق - قابل مقايسه نيست.

بسته نگار كه در عين حال داماد آيت الله طالقانی است و به مناسبت هفته دولت با خبرگزاری ايسنا مصاحبه می كرد افزود:

علي‌رغم اينكه هنوز هم خشونت قانونی در برخی موارد ديده مي‌شود، اما همين كه اين خشونت در چارچوب قانون و به نام قانون انجام مي‌شود، قدم بسيار بزرگی است. قبل از اين برخی افراد به دلايل مختلف مورد ضرب و شتم قرار مي‌گرفتند و كسی هم حق اعتراض نداشت. اما امروز اوضاع به كلی تغيير كرده است. بسته نگار با اشاره به دولت رفسنجانی گفت: علي‌رغم وعده‌های بي‌پايه و اساسی كه برخی مسؤولان قبل از دوم خرداد به ملت مي‌دادند، خاتمی توانست اين مسأله را در جامعه نهادينه كند كه حل مشكلات جامعه و مسائل مملكتی كاری پيچيده و كارشناسانه است و به سادگی قابل حل نيست. ما تأثير گفتمان خاتمی را حتی در جناح راست هم مشاهده می كنيم. در لحن ملايم برخی از افراد جناح منتقد اصلاحات، تأثيرپذيری از گفتمان خاتمی كاملا مشهود است.

وی، برخورد عقلانی خاتمی با حوادث و مشكلات چند سال اخير را از ديگر نكات مثبت دستاوردهای دولت دانست و گفت: اگر در مسائلی مانند قتل‌های زنجيره‌ای، بستن مطبوعات و بازداشت برخی فعالان ملی - مذهبی گفتمان عقلانی خاتمی وجود نداشت، قطعا امروز در جامعه شاهد هرج و مرج عظيمی بوديم كه مي‌توانست استقلال كشور را به كلی از بين ببرد.
ما همچنان اميدواريم در فرصت باقي‌مانده از دورة دوم رياست جمهوری خاتمی، حكومت قانون در راستای حاكميت مردم به مفهوم واقعی آن جانشين هر نوع خشونتی گردد.