بدنبال اطلاعیه قوه قضائیه مبنی بر قتل دکترزهرا کاظمی توسط دو بازجوی وزارت اطلاعات وامنیت، این وزارت خانه با صدور اطلاعیه ای اعلام داشت که اسناد کافی دراختیار دارد که بموجب آنها مرتکبین قتل شناخته شده اند! وزارت اطلاعات اعلام داشت:

وزارت اطلاعات در مراحل رسيدگي به پرونده زهرا کاظمی، يافته‌هاي متقن و مستند خود را در اختيار مقام قضايي گذارد. متاسفانه، علي‌رغم حصول نتايج روشن و شفاف در جهت شناسايي روند و عوامل اصلي حادثه، به دلايل نامشخص از سوي بازپرس رسيدگي‌كننده، دستور توقف پيگيري تحقيقات به مديركل حقوقي حفاظت اين وزارتخانه اعلان گرديد.
 اين وزارتخانه به استناد مدارك موجود و يافته‌هاي اطلاعاتي كه در پرونده و نزد قاضي محترم موجود است، رسما اعلام مي‌دارد كشف واقعيت چندان دشوار نبوده و در صورتي كه سرپرست محترم دادسراي جنايي تهران به اين موارد عنايت لازم نداشته باشد، اطلاعات لازم جهت اطلاع عموم منتشر خواهد گرديد.
وزارت اطلاعات در پايان اين اطلاعيه براساس دلايل و مدارك قطعي اعلام كرد:

الف ـ حادثه فوت خانم زهرا كاظمي مطلقا توسط كاركنان وزارت اطلاعات صورت نپذيرفته است و انتساب فوت خانم زهرا كاظمي به دو تن از كاركنان اين وزارت شديدا تكذيب مي‌گردد.
ب ـ چگونگي وقوع حادثه‌ مزبور از نظر اين وزارتخانه كاملا محرز و مشخص بوده و در زمان مقتضي به اطلاع عموم خواهد رسید.