دكتر مصطفی معين در اعتراض به مسكوت ماندن لايحه تغيير ساختار وزارت علوم و برخوردهای اخير با مجامع دانشگاهی استعفا داد و اين استعفا را تسليم رياست جمهوری كرد.

دكتر معين دليل اين تصميم خود را  نافرجام ماندن مساله لايحه تغيير ساختار وزارت علوم، بي‌توجهی نسبت به الزامات حياتی توسعه علمی كشور، تعدد مراجع تصميم‌گيری درباره‌ دانشگاه‌ها و برخوردهای خلاف شان با علم، دانشجو و دانشگاه ذكر كرد.