رجبعلی مزروعی نماينده اصفهان در مجلس، پيرامون سازمان امنيت موازی و غير قانونی در كشور گفت: از يكی دو سال پيش بحث فعاليت دستگاه‌های موازی با وزارت اطلاعات مطرح بود و اطلاعات ما اين بود كه بعد از ماجرای قتل‌های زنجيره‌ای و اصلاحات به‌وجود آمده در درون وزارت اطلاعات، برخی نهادها و نگرش‌ها كه ديگر نمي‌توانستند از طريق وزارت اطلاعات به اقدامات گذشته خود ادامه دهند، تلاش كردند دستگاه‌های موازی اطلاعاتی را در كشور و عمدتا برای برخورد با اصلاح‌طلبان راه‌اندازی كنند.
در اين دو سال گذشته برخی اقدامات صورت گرفته نشانه‌های خود را بروز داد كه دستگاه‌های موازی اطلاعاتی فعال شده‌اند، و به‌خصوص در رابطه با اصلاح‌طلبان اقدام به پرونده‌سازی كرد‌ه‌اند. برخی شكايات و اطلاعاتی كه در اين زمينه داشتيم را با مقامات مسوول در ميان گذاشتيم ولی متاسفانه به دليل برخی مسايل به آنها توجه نشد.

 نمي‌توان روی اين‌كه جريان تسويه شده در قتل‌های زنجيره‌ای با وزارت اطلاعات موازي‌كار مي‌كنند تكيه كرد، ولی مهم تفكر و انديشه پشت جريان است كه اين تفكر و انديشه ادامه همان جريانی است كه منجر به فاجعه قتل‌های زنجيره‌ای شد. ولی ممكن است افراد و كسانی كه در آن ماجرا دست داشتند، اين‌جا نباشند. به هر حال نوع عمل و اقدام آنها كه نشانه‌ای از خودسری و خود تصميم‌گيری دارد با آن جريان كاملا تشابه دارد.
سخنگوی فراكسيون مشاركت تصريح كرد: متاسفانه در عمل مواجه بوده‌ايم كه در همه جا اصلاح‌طلبان و سخنراني‌های آنها را تعقيب مي‌كنند، و معلوم است كه قصد پرونده‌سازی و برخورد با آنها را در جايی كه مي‌توانند دارند، و اين مي‌تواند آثار و پيامدهای بسيار منفی برای كشور و نظام به همراه داشته باشد.

باوزارت اطلاعات مسئله دارند

در همين ارتباط نماينده شهر قدس در مجلس "محمد علی كوزه گر" نيز گفت:

وزارت اطلاعات يك مشی واقع بينانه را در پيش گرفته و در راستای وظايف خود در حال انجام وظيفه است، و حتی به گروه‌های خودسر اجازه خودسری نمي‌دهد، و چون با محافل خودسر هماهنگ نيست به همين دليل شايد از اين جهت برخی دستگاه‌ها نسبت به عملكرد اين وزارتخانه نگران باشند.
 برخی محافل و گروه‌ها مي‌خواهند كه وزارت اطلاعات در سيطره آنها باشد و اوامر محفلی آنها را اجرا كند، ولی چون اين وزارتخانه اين كار را انجام نمي‌دهد شايد از اين جهت به وزارت اطلاعات اعتماد و اطمينان ندارند.
دلسوزان نظام و كسانی كه در راس مجموعه نظامند بايد عكس‌العملی نشان دهند و تكليف آنها را مشخص كنند. يك كشور و يك دولت، بايد از وزارت اطلاعات برخوردار باشد تا برای مسوولين و مردم قابل اطمينان باشد.

همراهان سعيد امامی از سايه بيرون آمده اند

عيسی سحرخيز نيز در همين ارتباط  گفت:

براساس برخی اظهارات روزنامه‌نگاران، متهمان ملی - مذهبی و بعضی از افراد احضار شده؛ در بازجويي‌هايی كه از اين افراد پيش از برگزاری دادگاهشان صورت مي‌گرفته است از آنان مي‌خواستند كه در مورد افرادی ـ كه اكثرا از روشنفكران دينی، مذهبی، نمايندگان مجلس و فعالان سياسی بودند ـ هرچه مي‌دانند بگويند و بنويسند و سپس بر اساس همين اطلاعات سوالات ديگری از آنان پرسيده مي‌شده است.
 اين‌گونه سوالات براساس برنامه‌ريزی تدوين شده‌ای بوده كه به منظور تكميل پرونده‌ها و تشكيل فايل‌های اطلاعاتی بوده است.
برخی سوالاتی بر مبنای اطلاعاتی از بازجويي‌ها قبلی و يا شنودهايی كه صورت گرفته، مي‌باشد.
اين تصور اكنون به ذهن متبادر شده كه جريان همراه با سعيد امامی از سايه بيرون آمده، مسووليت‌هايی بر عهده گرفته و به ايفای نقش مي‌پردازد. ‌ جريانی موازی وزارت اطلاعات فعال شده كه سوالات، پرس و جوها، شنودها و تعقيب و مراقبت‌هايی را مي‌كند كه وزارت اطلاعات متولی انجام آنهاست.
وی، برخی گزارش‌ها ـ از جمله اين‌كه از افراد با چشم‌بند مورد سؤال قرار مي‌گيرند ـ را نشانه اين امر دانست.