محمد خاتمی، در حاشيه امضای سند همكاری سه جانبه ايران، تاجيكستان و افغانستان، در جمع خبرنگاران حاضر شده و پس از مدتی سكوت طولانی خود را شكست و درباره حوادث اخير گفت:

اگر ما دموكراسی و مردم سالاری را پذيرفته‌ايم؛ اين اعتراضات را نيز بايد قبول كنيم. آنچه كه رژيم‌ها و جوامع مردم‌سالار را از غيرمردم‌سالار جدا مي‌كند؛ همين اعتراضات است كه با ساز و كارهايی دموكراتيك صورت مي‌گيرد. ما حق اعتراض را به رسميت مي‌شناسيم و بنا نداريم با مخالفين خود با قهر و خشونت برخورد كنيم.
در ايران خبری نيست. آنچه در ايران اتفاق افتاده، صدها برابر كمتر از آن چيزی است كه هر روزه در آمريكا رخ مي‌دهد. چرا زمانی كه پليس آمريكا با مردمش رفتار خشونت آميز مي‌كند (اين رسانه‌ها) آن را عين دموكراسی مي‌دانند؛ اما در ايران به گونه ديگر آن را تفسير مي‌كنند. خاتمی ادامه داد: رسانه‌های خارجی در خصوص اعتراضات و تقاضاهای صنفی بزرگ نمايی مي‌كنند.
وی حق دانشجويان را مطرح كردن اعتراضات صنفی خود خواند و گفت: دانشجويان رشد خود را نشان دادند و حركتهای آنها از حركتها و يا رفتارهای غير دموكراتيك جدا شده است.
رييس‌جمهور در ادامه وجود اختلاف نظرها در ايران را امری طبيعی دانست و گفت: مخالف بايد بتواند حرف خود را بزند و دولت در برخورد با آنها نبايد فراتر از قانون عمل و رفتار كند. خاتمی اظهار داشت: مواضع آمريكا در خصوص حوادث اخير، باعث انسجام ملت ايران شد. آمريكايي‌ها، اطلاعات غلطی از ايران دارند. نمايندگان مجلس، اخيرا حمايت آمريكا از آشوبگران را محكوم كردند و اگر امروز در ايران اعلام شود كه ملت ايران تظاهراتی در محكوميت مداخلات خارجی انجام دهند، بدون ترديد اكثريت مردم حضور خواهند داشت.
وی تاكيد كرد: به هيچ بيگانه‌ای اجازه دخالت در سرنوشت خود را نمي‌دهيم اگر توان مخالفان جمع كردن تنها حدود هزار نفر است، اين تعداد اندك نشان مي‌دهد كه كشور ما تا چه حد قدرتمند است.
حجت‌الاسلام‌والمسلمين خاتمی در پاسخ به پرسش خبرنگاری كه با اشاره به برگزاری شورای حكام سازمان بين‌المللی انرژی اتمی در وين پرسيد ”آيا ايران برای امضای پروتكل الحاقی به معاهده منع گسترش سلاحهای هسته‌ای، امتيازی طلب مي‌كند يا نه؟“ گفت: ما هيچ امتيازی برای پيوستن به اين معاهده طلب نمي‌كنيم؛ بلكه طلب ما بخاطر پيوستن به ام. پی. تی است.
وی با اشاره به اينكه براساس MPT همه اعضای حق دارند از دانش و فناوری هسته‌ای برخوردار باشند؛ گفت: جمهوری اسلامی ايران منادی منطقه عاری از سلاحهای هسته‌ای است.
خاتمی با تصريح بر اين‌كه آنچه در جمهوری اسلامی ايران انجام شده؛ حاصل تلاش فرزندان اين مرز و بوم است؛ افزود: برخورداری از سلاحهای هسته‌ای امنيت نمي‌آورد.
رييس‌جمهور با بيان اين‌كه جمهوری اسلامی ايران مشكلی با آژانس بين‌المللی انرژی اتمی ندارد؛ از كشورهای عضو ‌خواست كه حق ايران را مشروع بشناسند و كشورهای برخوردار زمينه دستيابی كشورمان را به دانش هسته‌ای را فراهم آورند.
خاتمی با رد هرگونه اتهام بی اساس و يا فشار عليه جمهوری اسلامی ايران گفت: با آژانس بين‌المللی همكاری لازم را انجام داده‌ايم و همچنان اين همكاری را ادامه خواهيم داد.
رييس جمهور؛ اسرائيل را با داشتن چهارده كلاهك هسته‌ای تهديدی برای منطقه خواند.
وی در پاسخ به سوال خبرنگاری كه با اشاره به دستگيری گسترده مجاهدين خلق در فرانسه پرسيد، كه آيا ايران از فرانسه در خواست استرداد آنها را كرده است؛ اظهار داشت: ما قربانی تروريست هستيم و برخورد با تروريسم بايد غير تبعيض آميز و همه جانبه باشد.
وی رفتار آمريكايي‌ها در عراق با مجاهدين را مشكوك دانست و اظهار داشت: فرانسه عضو اتحاديه اروپا است و اتحاديه اروپا، مجاهدين خلق را به عنوان يك گروهك تروريستی شناخته است. بنابراين اين كشور طبق تعهدات خود عمل كرده است.