آيت الله حكيم در نخستين موضع گيری های سياسی خود در عراق، حساب خويش را از جمهوری اسلامی جدا كرد. او به تلويزيون الجزيره گفت كه مخالف دخالت ايران در امور داخلی عراق است.

حتی اگراين اظهارات نوعی مانور سياسی برای نشان دادن استقلال وی از آيت الله شاهرودی بنيانگذار مجلس اعلای انقلاب اسلامی و رئيس كنونی قوه قضائيه ايران باشد، بيان آن حكايت از بيم از واكنش روحانيون نجف و شيعيان عراق نسبت به دخالت های روحانيون ايران در امور مذهبی و سياسی عراق است.

دفاع آيت الله حكيم از دمكراسی و شركت همه احزاب و گروه ها در دولت و مجلس آينده عراق نيز نشان داد كه مردم عراق از استبداد دينی و الگوبرداری از سيستم ولايت فقيه ايران و اجرای آن در عراق نگرانند و به اين ترتيب جمهوری اسلامی كنونی گرايشی را در ميان مردم عراق به خود جلب نكرده است.

نگرانی ديگری كه در هفته ها و بويژه روزهای اخير رو به رشد است، برخورد عراقی ها، با ايرانی های مهاجر، تجار و كسبه ايرانی در شهرهای عراق است. شايد اين برخوردها با جنگ عراق ارتباط داشته باشد و شايد ريشه هائی در اختلافات مذهبی و تفاوت در تقليد از مراجع مختلف داشته باشد، هر كدام از اين عوامل هم كه باشد تغييری در اصل موضوع نمی دهد. يعنی دوری روحانيون و مذهبيون عراق از مدل جمهوری اسلامی و ناسيوناليسم عراقی.

در ارتباط با برخوردهای عراقی ها با ايرانی ها در هفته های اخير، سايت كميسيون حقوق بشر سازمان ملل متحد در ژنو نوشت كه اين سازمان نسبت به اين برخوردها هشدار داده است.

اين سايت نوشت:  در عراق موج بزرگی از مخالفت با پناهندگان ايرانی آغاز شده است. مطابق اظهارات سخنگوی حقوق بشر سازمان ملل متحد در شهر "دوجيلا" واقع در مركز عراق هزار ايرانی تحت فشار قرار گرفته اند تا خانه و زندگی خود را رها كرده و به ايران باز گردند. اين افراد از 20 سال پيش در عراق بسر می برند.

23 هزار ايرانی مطابق آمار رسمی سازمان ملل متحد در عراق، بصورت پناهنده زندگی می كنند، كه اغلب در كارهای تجاری فعالند.