هيات اجرائی منتخب كنگره جبهه مشاركت، در يك انتخابات درون تشكيلاتی تعيين شد. بموجب نتيجه اين انتخابات "الهه كولايی” و "حسين كاشفی” بعنوان معاون دبير كل انتخاب شدند و محسن ميردامادی رييس هيات اجرايی جبهه‌ مشاركت انتخاب شد. ميردامادی سخنگوی دانشجويان پيرو خط امام در سالهای شكل گيری اين تشكل بود و علاوه بر استانداری خوزستان، در مجلس ششم رئيس كميسيون امنيت ملی و سياست خارجی بود. الهه كولائی نيز عضو فراكسيون زنان مجلس ششم بود.

اعضای اصلی دفتر سياسی جبهه‌ مشاركت عبارتند از: محمد ستاري‌فر، ولي‌الله شجاع‌پوريان، شمس‌الدين وهابی، فاطمه حقيقت‌جو، محسن صفايی فراهانی، وفا تابش، رضا شريفی، نصرالله جهانگرد، زهرا مجردی و نجفقلی حبيبی. علاوه بر اين، اعضای علي‌البدل اين دفتر نيز عبارتند از: فريده ماشينی، حسين واله، ميثم سعيدی و آذر منصوری.