سيدمحمدعلی ابطحی معاون حقوقی و پارلمانی رئيس‌‏جمهور، بعنوان نخستين واكنش رسمی نسبت به گزارش كميسيون 11 سپتامبر مبنی بر دست داشتن ايران در آن رويداد انفجاری اعلام كرد:

اتهامات اخير آمريكا بر ضد كشورمان را زمينه‌‏سازی برای دستيابی به اهداف نامشروعی مانند حمله نظامی و برنامه‌‏ريزی برای جنگ قلمداد مي‌‏كنيم.

خبرگزاری ايلنا، اين اظهارا‌ ‏سيدمحمدعلی ابطحی را اينگونه مخابره كرد:

جمهوری اسلامی ايران با هوشياری آماده مقابله با هرگونه اقدام غيرمنتظره است و در صورت حمله به كشورمان، با قدرت تمام پاسخ خواهيم داد.

اتهاماتی كه در گزارش كميسيون 11 سپتامبر طرح شده كاملاً عاری از صحت است و اين ادعا كه تهران به هشت تن از اعضای القاعده اجازه داده از خاك ايران عبور كنند، صرفاً دروغی تبليغاتی است. ما در مبارزه با تروريسم جدی هستيم و نشانه آن هم اين است كه شبكه القاعده را متلاشی و ايراني‌‏هايی را كه با اين شبكه همكاری داشتند بازداشت كرده‌‏ايم و به تلاش‌‏های خود در مبارزه با تروريسم ادامه خواهيم داد.

آمريكا بهتر از ديگران مي‌‏داند كه ما و القاعده دارای اختلافات فكری و عقيدتی هستيم و هرگز نمي‌‏توانيم حتی برای مبارزه با دشمن مشتركی همچون آمريكا با يكديگر همراهی و همكاری كنيم.( اين سخن ابطحی، يعنی دشمن مشترك، در شرايطی بيان شده كه بسياری بر اين عقيده اند القاعده ساخته و پرداخته خود امريكاست!)

ابطحی همچنين گفت:

ما پيش از سقوط طالبان با اين گروه هم همكاری نداشتيم و همگان مي‌‏دانند كه ايران از جانب طالبان چه آسيب‌‏هايی ديده است؛ ما هرگز كشتار ديپلمات‌‏های خود در مزارشريف و تهديد امنيت‌‏ملی خود را از سوی اين گروه فراموش نخواهيم كرد.

معاون رئيس‌‏جمهوری درباره اظهارات اخير كالين پاول، وزيرخارجه آمريكا مبنی بر احتمال حمله نظامی به ايران گفت: ما برای پايين‌‏كشيدن فتيله اين بحران تلاش خواهيم كرد ولی پيش‌‏بينی نمي‌‏كنيم كه جنگی رخ دهد يا به نيروگاه برق هسته‌‏ای بوشهر حمله شود.

وی در ادامه با تأكيد بر اينكه بعيد است پرونده هسته‌‏ای ايران به شورای امنيت سازمان ملل متحد ارجاع شود، ابراز اميدواری كرد كه مذاكرات جاری بين ايران و كشورهای اروپايی به نتايج مثبتی بيانجامد.

ابطحی، تهديدات آمريكا و رژيم اسرائيل را مبنی بر حمله به نيروگاه برق هسته‌‏ای بوشهر كم‌‏اهميت ارزيابی كرد و افزود: برنامه‌‏ هسته‌‏ای ايران، شفاف و دارای اهداف صلح‌‏آميز است.
معاون حقوقی و پارلمانی رئيس جمهوری همچنين در خصوص اتهامات اخير برخی مقامات عراقی و آمريكايی مبنی بر دخالت ايران در امور داخلی عراق گفت: ايران با حكومت جديد عراق همكاری مي‌‏كند و اجازه بروز نا امنی در اين كشور را نمي‌‏دهد.(اين اظهارات نيز درحالی بيان شده كه آيت الله مشگينی در نماز جمعه روز گذشته خود دولت كنونی عراق را نوكر امريكا اعلام كرد!)
وی افزود: ايران هرگز دستاويزی در اختيار بيگانگان قرار نمي‌‏دهد و همواره در راستای بحران‌‏زدايی از روابط منطقه‌‏ای و بين‌‏المللی خود بويژه با عراق تلاش مي‌‏كند.
ابطحی در مورد اتهام قاچاق موادمخدر و اعزام خرابكاران به عراق نيز گفت: حكومت ايران ارتباطی با اين اتهامات ندارد، بلكه نسبت به همكاری با حكومت جديد عراق اصرار دارد و به همين دليل است كه اين حكومت را به رسميت شناخته و با ناديده گرفتن گذشته‌‏ها از ارائه هرگونه كمك به اين كشور دريغ نكرده است.( به خطبه های ديروز آيت الله مشگينی در ستون دريچه ای به جهان در همين شماره پيك نت مراجعه كنيد)

 ما و ملت عراق در يك سنگر واحد هستيم زيرا هر دو از رژيم صدام، زيان ديده‌‏ايم و به همين جهت با ناآرامی در عراق مخالفيم و بوسيله ارائه لايحه دادخواست و با هدف بازگشت حقوق خود، در محاكمه صدام مشاركت داريم.

معاون رئيس‌‏جمهوری از سفر آينده" اياد علاوی”؛ نخست‌‏وزير حكومت انتقالی عراق به ايران استقبال كرد و گفت: اين ديدار با استقبال گسترده‌‏ای از سوی ما مواجه خواهد شد و پرونده‌‏های فراوانی برای بحث با آقای علاوی وجود دارد كه مهم‌‏ترين آنها مسائل امنيتی و همكاری دوجانبه در اين زمينه و نيز برنامه‌‏ريزی برای سفرهای زيارتی ايرانيان به عتبات است.