آغاجری، معلول جنگی ايران و استاد دانشگاه، سرانجام از سوی قوه قضائيه جمهوری اسلامی به سه سال زندان قطعی و دو سال زندان تعليقی محكوم شد. بموجب اين حكم آغاجری پس از طی دوران محكوميت، 5 سال نيز از حقوق اجتماعی محروم خواهد بود.

دادگاهی كه به شيوه انکيزاسيون دوران قرون وسطی تشكيل شده بود، جرم آغاجری را طرح برخی مباحث مذهبی پيرامون تقليد در اسلام و مخالفت با طبقه ای بنام روحانی بعنوان واسطه انسان و خدا به محاكمه كشيده شد. او كه عضو رهبری سازمان مجاهدين انقلاب اسلامی است و از خانواده قربانيان جنگ با عراق، در يكی از صريح ترين سخنرانی های خود گفته بود "دين آلوده به قدرت و ثروت، از افيونی كه ماركس درباره دين گفته بود بدتر است." ماركس در نظريه خود پيرامون نقش مذهب و كليسا در جنبش های اجتماعی  گفته است "مذهب و كليسا در ايجاد انفعال و موكول كردن تغييرات به مشيت الهی می تواند نقش افيون را درجنبش های انقلابي- اجتماعی ايفاء كند و مانع انقلاب و تغييرات شود."

كسانی كه از افشاگری های آغاجری پيرامون مافيای قدرت و ثروت كه زير عبای روحانيون  جمع شده و با صحنه سازی ها مذهبی و بازی با احساسات دينی مردم، می كوشد آنها را مطيع غارت و چپاول و سركوب و استبداد حكومتی كرده و سلطنت را زير نام ولايت درايران باز توليد كند، بخشی از صحبت آغاجری را در باره نظريه ماركس بهانه كرده و يورش تبليغاتی را به او آغاز كردند. هدف اساسی دراين يورش تبليغاتی در درجه اول مقابله مستقيم با مقلدان آيت الله منتظری بود كه آغاجری از زمره آنهاست و سپس تكرار سناريوی محمد رضا سعادتی در جريان تدارك يورش به سازمان مجاهدين انقلاب اسلامی و آن فجايع تاريخی دهه 60. آنها بر اين اميد بودند كه تندروی را در بدنه جنبش دانشجوئی دامن زده و يورش به سازمان مجاهدين انقلاب اسلامی را سازمان بدهند و موج جديد دستگيری و اعدام را در سراسر كشور آغاز كنند. يعنی تكرار دهه 60 و فجايع تاريخی آن.

شايد سخنرانی آيت الله مشگينی در خطبه های نماز جمعه، صريح ترين فتوا برای محكوم به اعدام كردن آغاجری و غير شرعی اعلام كردن سازمان مجاهدين انقلاب اسلامی باشد. سخن و خطبه ای كه رهنمود عمل قوه قضائيه قرار گرفت و سرانجام نيز يك روحانی بی ريشه و قاضی فرمايشی را در شهر همدان مامور صدور اين حكم كردند. واسطه انتقال متن حكم به اين قاضی "آقامحمدی” قائم مقام علی لاريجانی در صدا و سيما بود كه در زمان محاكمه آغاجری در همدان طی چند نوبت راهی اين شهر شد. دالان تنگ شورای نگهبان، بيت رهبری ( بويژه ميرحجازی منشی رهبر كه سرانجام تاريخ در باره نقش نفوذی او در جمهوری اسلامی  قضاوت خود را خواهد كرد) و محافل فتوای قتل و جنايت ( كه از فتوای ترور آيت الله مطهری تا ترورهای سازمان يافته بدست و واسطه مجاهدين خلق، قتل عام جنايتكاران زندانيان سياسی در زندان های ايران و قتل های زنجيره ای به آنها باز می گردد) توسط او و ماموريتی كه يافته بود طی شد.

آن حكم، مانند حكم اعدام و ارتداد روحانی ديگری كه هنوز زندانی مشروط است(اشكوری) صادرشد اما صادر كنندگان حكم فراموش كردند زمان و شرايط ايران و جهان تغيير كرده و ديگر چنان جناياتی نه ممكن است و نه با بی تفاوتی ناشی از ناآگاهی و كم اطلاعی مردم از ماهيت حوادث درجمهوری اسلامی عملی.

به اين ترتيب، دادگاه ديگری در تهران تشكيل شد كه در ابتدای هفته گذشته بخش هائی از اخبار و مسائل آن در روزنامه های ايران منعكس شد و پيك نت نيز بعنوان رويدادی تاريخی در تاريخ معاصر اسلام و تحولات اجتماعی ايران، با دقت كامل اساسی ترين فرازهای آن را منتشر كرد. حضور آغاجری در نخستين جلسه دادگاه، به كمك چوب زير بغل و با يك پا  به دادگاه آورد شد و اين صحنه ای بود فراموش نشدنی از سرنوشتی كه نيروهای مذهبی انقلاب 57 پس از درگذشت آيت الله خمينی پيدا كردند. آغاجری نمونه اين سرنوشت است.