سازمان ديدبان حقوق بشر مستقر در نيويورك در بخشی از گزارش سالانه خود درباره وضعيت حقوق بشر در جهان، درباره وضع حقوق بشر در ايران اعلام داشت:

احترام به حقوق بنيادی بشر در ايران، به ويژه آزادی بيان و عقيده، در سال 2004 دراين كشور به وخامت گرائيده است. مذاكرات ميان ايران و اتحاديه اروپا نيز، تاكنون تاثير ناچيزی بر بهبود وضعيت حقوق بشر درايران داشته است. شكنجه و بدرفتاری در طول دوره بازداشت ادامه دارد و از حبس نامحدود انفرادی، منظما برای تنبيه ناراضيان استفاده می‌شود.

قوه قضاييه كه به جای پاسخگو بودن در مقابل رئيس جمهور منتخب،به علی خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی پاسخگوست، در كانون بسياری از موارد جدی نقض حقوق بشر قرار دارد. نقض حقوق بشر در ايران توسط نهادهای موازی انجام می‌شود. ماموران اطلاعاتی در لباس شخصی، گروه‌های شبه نظامی كه با خشونت به گردهمايی‌های مسالمت آميز ناراضيان حمله می‌كنند و زندان‌های مخفی و غيرقانونی و مراكز بازجويی كه توسط دستگاه‌های اطلاعاتی اداره می‌شوند، زير مجموعه‌های اين نهادهای  موازی  اند. پس از آغاز سركوب گسترده مطبوعات در سال 2000 امروز تنها معدودی روزنامه مستقل باقی مانده است، كه آنها نيز از بيم توقيف خودسانسوری شديدی را مراعات می‌كنند. مقام‌های حكومتی در سال 2004  دسترسی مردم ايران به "وب سايت‌های اينترنتی” كه اخبار وتحليل‌های مستقل منتشر می‌كردند را مسدود كردند. نويسندگان اين وب سايت‌ها و كسانی را از طريق اين رسانه به انتشار اطلاعات و انتقاد از حكومت می‌پرداختند دستگير كردند.
به گزارش "سازمان نظارت بر حقوق بشر" با بسته شدن روزنامه‌ها و نشريات مستقل، رفتار با افراد تحت بازداشت در زندان اوين و ساير بازداشتگاه هايی كه به طور مخفيانه توسط قوه قضايی و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی اداره می‌شود به وخامت گراييده است. "شكنجه شديد جسمی به خصوص عليه فعالان دانشجويی و ساير كسانی كه شهرت روشنفكران و نويسندگان مسن تر را ندارند به كار گرفته می‌شود.
گروه هايی مانند انصار حزب الله و بسيج، زير نظر دفتر رهبر جمهوری اسلامی كار می‌كنند و گزارش‌های متعددی وجود دارد داير بر اينكه پليس رسمی اغلب از مقابله مستقيم با اين ماموران لباس شخصی واهمه دارد. هيچ مكانيزمی برای نظارت و تحقيق درباره نقض حقوق بشر توسط ماموران حكومتی وجود ندارد.  توقيف رسانه‌های مستقل در ايران، اين احساس را به نقض كنندگان حقوق بشر داده است كه همواره از پيگرد مصون خواهند بود.
 شورای نگهبان، در جريان انتخابات پارلمانی سال 2004 با رد صلاحيت بيش از 3600 نفر از نامزدهای اصلاح طلب و مستقل، قدرت مطلق خود را به صورتی كاملا جناحی و بی‌پرده به كار گرفت و به نامزدهای محافظه كار امكان داد مجلس را در اختيار بگيرند.
سازمان نظارت بر حقوق بشر در آخرين بخش گزارش خود درباره ايران می‌نويسد كه اتحاديه اروپا قول داده است استانداردهای حقوق بشر را به گسترش مناسبات خود با جمهوری اسلامی مشروط كند، اما نتايج آن تاكنون محسوس نبوده است. استراليا و سوئيس نيز مبتكر يك رشته گفتگوهای حقوق بشر با ايران بوده اند، اما با توجه به اين كه معيارهای اين مذاكرات علنی نشده، بعيد به نظر می‌رسد تاثيری بيش از گفتگوهای اتحاديه اروپا با ايران داشته باشد.