محمد خاتمی در ديدار با ابراهيم جعفری، عضو شوراي‌‏حكومت انتقالی عراق كه در تهران بسر می برد، حساب خود و دولت خويش را از مقتدا صدر جدا كرد. او در همين ديدار اتهامات مربوط به دخالت ايران در آشوب های اخير عراق را تكذيب كرد و گفت اين كارها به تحريك از ناحيه ای انجام می شود كه با ايران نيز مخالف اند. خاتمی نامی از اين نواحی نبرد ولی آشكارا قصد داشت ايران را از اتهام دخالت در امور داخلی عراق جدا كند. خاتمی گفت:

« اهميت برقراری امنيت و ثبات در عراق باعث شد تا ايران به‌‏عنوان يكی از اولين كشورها شوراي‌‏حكم را به رسميت بشناسد.

اگر آمريكا حكومت را در همان ابتدا به خود عراقي‌‏ها واگذار مي‌‏كرد و مردم‌‏سالاری واقعی در اين كشور حاكم مي‌‏شد امروز شاهد كشتارها و فجايعی كه ملت عراق تحمل مي‌‏كند نبوديم.

‌‏مشكلاتی كه آمريكا در عراق با آن روبرو شد نه از سوی شيعيان و نه از سوی ايران بلكه از ناحيه نيروهايی است كه با شيعه و ايران نيز رابطه خوبی ندارند. روش شيعه كه اعتدال منطق و لزوم آزادی ملت عراق و سپردن امور به مردم است در حزب‌‏الدعوه، مجلس اعلای عراق و مواضع حكيمانه آيت‌‏الله سيستانی تجلی پيدا كرده است. ‌‏ايران هرگونه حركتی كه بحران را در عراق تشديد كند و زمينه استقرار امنيت در اين كشور را با خطر مواجه سازد به ضرر عراق، اسلام و شيعه مي‌‏داند.»

خاتمی جنايات اخير در عراق را محكوم كرد و با مقايسه آن با جنايات رژيم اسرائيل، اظهار اميدواری كرد اشغال‌‏گران زمينه‌‏های تحريك در اين كشور را از بين ببرند و طرف مقابل نيز با منطق اوضاع را به پيش ببرد.

محمد خاتمی تاكيد كرد: « ايران از هرگونه دخالت در امور عراق پرهيز مي‌‏كند و هر گونه دخالت را اهانت به ملت رشيد عراق مي‌‏داند. البته ايران ‌‏همواره خود را در كنار ملت عراق دانسته و در جهت ثبات و پيشرفت اين كشور تلاش مي‌‏كنيم. دلزدگی از حكومت‌‏های فاسد غير مردمی، تجربه ناكامی حركت‌‏هايی كه ريشه در تاريخ دارند و همچنين وجود حركت‌‏های افراطی و ارتجاعی به نام اسلام از جمله نگراني‌‏های اخير دنيای اسلام است. اسلام با بينش شرقی و سازگاری آن با مردم سالاری مي‌‏تواند جهت آينده دنيای مسلمانان را تعيين كند‌‏.»

اين سخنان در حالی بيان شد كه بخش غالب در حاكميت جمهوری اسلامی خلاف تمام اين نظرات با مردم ايران رفتار می كند و حتی در جريان حوادث اخير عراق عملا با انتشار مطالبی در نشريات جناح راست به نوعی اتهامات مربوط به دست داشتن بخش های از سپاه و حاكميت راست در اين حوادث را تائيد كرده اند.

جعفری عضو شورای حكومتی عراق نيز در اين ديدار از طراح گفت‌‏وگوی تمدن‌‏ها و برقرار كننده تبادل ميان تمدن اسلامی با ساير فرهنگ‌‏ها ستايش كرد.

وی با تشريح اوضاع كنونی در عراق رسيدن به آزادی كامل در اين كشور را طولانی اما دست‌‏يافتنی دانست.

جعفريی تشكيل عراق نوين را نيازمند پيمودن برنامه‌‏ای درازمدت دانست و مشكلات بوجودآمده در اين مسير را ناشی از نيازهای اقتصادی و مسايل قومی دانست و تحقق آنها را نيازمند تأمين امنيت داخلی.