حقيقت‌جو معتقد است: پس از پايان دوره مجلس ششم و پايان رياست جمهوری خاتمی، اصلاح‌طلبانی كه در دولت و مجلس بودند از حكومت خارج مي‌شوند و از آن پس فعاليت خود را به عنوان اپوزيسيون در نهادهای مدنی ادامه مي‌دهند.

فاطمه حقيقت‌جو اولين نماينده مستعفی مجلس ششم شورای اسلامی در گفت‌وگو با خبرگزاری دانشجوئی ايسنا، ضمن تدقيق نظری كه در مصاحبه با نشريه "شهروند" مطرح كرده بود گفت:

منظور من ازپيوستن به اپوزيسيون، اپوزيسيون قانونی داخل كشور است.

حقيقت‌جو گفت: حاكميت در ايران معطوف به اراده اشخاص است و اين اشخاص هم اجازه تحول را نمي‌دهد، بنابراين امكانی برای تداوم اصلاحات با ساختار فعلی حاكميت نيست. از همين‌رو فعاليت اپوزيسيون قانونی در نهادهای مدنی بايد معطوف به اصلاح اين امور باشد تا امكان تحقق اراده مردم در درون حاكميت فراهم آيد.

مادامي‌كه برنامه‌ای جدی و اساسی پيش‌روی اصلاح‌طلبان نباشد، آنان نمي‌توانند به بازسازی اعتماد مردم بپردازند.  اين بازسازی نيز به جز از طريق اصلاح قانون اساسی امكان‌پذير نخواهد بود.
حقيقت‌جو درباره پيگيری مساله ممنوع‌الخروج  شدن خود نيزگفت:  برای حل اين مساله وكيل گرفته‌ام تا به شكل قانونی آن را پيگيری كنم و پس از تعطيلات كه ادارات رسما كار خود را آغاز خواهند كرد اين مساله را پيگيری خواهم كرد.