محمدخاتمی پس از افتتاح طرح توسعه حرم حضرت معصومه در قم، در جمع خبرنگاران طی سخنانی كه به آخرين توصيه‌های او در مقام رياست جمهوری تعبير شده، با خطاب غيرمستقيم به احمدی نژاد و وعده‌های انتخاباتی او گفت:

معيشت مردم مهمترين و فوری‌‏ترين مطالبات آنهاست، البته به مطالبات سياسی، اجتماعی و فرهنگی هم نياز دارند، اما اگر اين مطالبات در دو جهت دامن زده شود، يكی خلاف واقع جوسازی شود كه مردم احساس كنند كه وضع‌‏شان بدتر از آن است كه وجود دارد و دوم آنكه بدون توجه به واقعيات و امكانات طرح شود، به طور قطع مطالبات و خواسته‌‏ها بيشتر از امكانات خواهد شد.

نبايد كاری كنيم كه جامعه احساس كند كه شش ماه ديگر هيچ مشكلی ندارد و هيچ مشكل معيشتی در جامعه وجود نخواهد داشت و در دوره‌‏های قبلی كاری انجام نشده است و يا گفته شود در آينده آزادی ندارند، اميدوارم با واقع بينی و توزيع واقعيات، همانچه كه واقعاً انجام شده، مشكلات به طور واقعی مطرح شود.

اميدوارم مردم درباره من نظر بدی نداشته باشند و مطمئن باشند كه من هر كجا كه باشم، دلم به ياد مردم می‌‏تپد و هر كاری كه از دست من برآيد، از جمله برای اعتلای نام و خاك ايران در سراسر جهان و دفاع از حيثيت و عظمت اين ملت تلاش خواهم كرد. من قطره كوچك در دريای موج خيز بزرگ و عظيم ملت ايران خواهم بود.

از خود احساس رضايت و راحتی می‌‏كنم و از اين كه به لطف خداوند واگذاری قدرت در ايران پس از انقلاب ديگر از طريق زور نخواهد بود و تنها رأی مردم قدرت را مشخص می‌‏كند، بسيار راضی هستم، چشم‌‏انداز بسيار خوبی برای جامعه ما به وجود آمده است كه مردم‌‏سالاری در آن حاكم است.

خاتمی در خصوص كمك خود به دولت احمدی نژاد، اظهار داشت: همه تجربيات خود را منتقل می‌‏كنم، همه ما موظف هستيم تا كمك كنيم دولتی كه بر اساس رأی مردم روی كار آمده است، موفق شود. موفقيت آن دولت موفقيت همه ملت ماست.
ما تا حدودی در بيان كاركردهای دولت ناتوانی داشته‌‏ايم و در اين كشاكش‌‏های سياسی و جنگ‌‏های روانی به دولت جفا شد. برای اين خاطر، ذوق ملت ما نبايد تلخ شود، در مقابل جفاهايی كه به دولت شد، سكوت می‌‏كنم، اما آنهايی كه جفا می‌‏كردند، خود می‌‏دانستند كه اين دولت كارهايی بزرگی كرده است، البته اين به معنای آن نيست كه نقض در عملكرد دولت وجود ندارد، اما كارهايی كه شده است.

فكر می‌‏كنم كشوری را تحويل می‌‏دهم كه از نظر اقتصادی، علمي, صنعتی و روابط بين‌‏المللی در موقعيت خوبی قرار دارد. اميدوارم آيندگان بتوانند از اين موقعيت استفاده كنند و نقض‌‏ها را جبران كنند تا در مسير تكامل گام برداريم

در زمينه سياسی و فرهنگی اين ذهنيت را ايجاد كرده‌‏ام كه قدرت امری مردمی است كه در ميان ملت ايران نقدپذير است. در جريان اين دوره از انتخابات هم مشاهده كرديد كه هدف جلب نظر توجه مردم بود، چرا كه مردم هستند كه تعيين كننده هستند و هيچ قدرتی نمی‌‏تواند در اين زمينه دخالت كند و من تلاش كردم تا در تحقق اين ذهنيت مردم موثر باشم.

خيلی كارها داشتم كه عملی نشد، اگر شعارهای من را بررسی كنيد، می‌بينيد كه درصد قابل توجه‌‏ای از آنها عملی نشد كه اين امر يا ناشی از نقص برنامه‌‏ريزی بوده است و يا موانعی بوده كه ايجاد گرديد. من در زمينه آزادی‌‏ها معتقد بودم كه از يك طرف، تصوير غلطی از آزادی ايجاد كرده‌‏اند و به آن دامن می‌زنند كه آزادی يعنی ولنگاری و از طرف ديگر هم آن آزادی واقعی به معنی مسموم بودن جامعه برای اظهار نظر و نقد قدرت آنگونه كه می‌‏خواستم، انجام نشد، گرچه گام‌های بزرگی برداشته شده است.

من در همين جا تأكيد می‌‏كنم كه مواضعی كه در يك سال و نيم اخير رياست محترم قوه قضاييه داشته‌‏اند، بسيار اميدوار كننده بود، اگر آنچه كه ايشان می‌‏خواهند، علی رغم آنچه كه با مشكلاتی روبرو می‌‏شوند، انجام شود، بخش قابل توجه‌‏ای از خواسته‌‏های ما كه عبارت از امنيت فكر كردن و بيان، امنيت نقد قدرت و دفاع از حقوق كسانی كه قدرت را نقض می‌‏كنند، گام بزرگی است كه برداشته شده است.

خاتمی با تأكيد بر اين كه قانون اساسی به ما می‌‏گويد كه همه اتهامات بايد در دادگاه صالحه و با حضور هيأت منصفه باشد، اظهار داشت: اين به معنی آن است كه طرف مسايل سياسی و مطبوعاتی دولت است و دولت قدرت دارد و بر همين اساس بايد امنيت كسانی را كه به نقض قدرت می‌پردازند، با تشكيل هيأت منصفه به وجود آورد، چرا كه اين هيأت منصفه احساس عمومی و افكار عمومی است و دادگاه صالحه نيز در دفاع از احقاق حق يك فرد اهل نظر و تحليل در مقابل قدرت كه محل تمركز امكانات است، بايد تشكيل شود.

اين امر بايد اجرا شود. معتقدم در خيلی از جاها نه تنها اجرا نشده است، بلكه علی‌‏رغم تلاش‌‏هايی كه كرديم، با برخوردهای خوبی همراه نشده است، گر چه اميدوارم اين دادگاه راه بيافتد و عملی شود، بايد در چارچوب قانون عمل كنيم تا مسايلی مانند آنچه كه در بخش‌هايی از وزارت اطلاعات در زمان قبل می‌‏گذشت و در قالب قتل‌های زنجيره‌ای ايجاد شد، ديگر به وجود نيايد.

اميدوارم بتوانم در آخرين لحظات مسووليتم يك كار ديگری انجام دهم و آن اين كه بگويم كه تشكيلات و سازماندهی برای تخريب افراد يا برای ايجاد جنگ‌‏روانی در جامعه و تاثير گذاشتن آن در جامعه, استفاده از امكانات عمومی و بيت المال و نيز اطلاعات و برنامه‌‏ريزی توسط چه كسانی درانتخابات اخير انجام شده است تا آنها هم ريشه‌‏كن شود، تا تاثير گذاری در جريانات اجتماعی آينده را هم چنان كه تاثير گذاری قتل‌های زنجيره‌ای از بين رفته است از بين ببرم.

بنای ما بر اين بود كه ما اين انتخابات را به خوبی و سلامت برگزار كنيم، ولی معتقدم كه جلوی تخلفات را گرفتيم، اما يك روند بداخلاقی و تخريب وجود داشت كه اطلاعات آن جمع‌‏آوری شده است كه ان شا الله خدمت رهبری و مقام محترم رياست قوه قضاييه ارايه خواهد شد.

من در جلسه‌‏ای با حضور خبرنگاران، دغدغه‌های جدی خود را مطرح خواهم كرد، ولی كار فكری خود را پس از رياست جمهوری معطوف گفت‌‏وگوی تمدن‌‏ها خواهم كرد و درپی تقويت مديريت‌ها و ايجاد زمينه‌‏ای برای توليد علم نوين در ايران، فعاليت خواهم كرد.