دكتر معين با صدور بيانيه ای، اعلام داشت از نظر اوليه خود مبنی بر عدم شركت در مرحله دوم انتخابات صرفنظر كرده و در مرحله دوم، برای دفع فاشيسم به‌هاشمی رفسنجانی رای می‌دهد. دكتر معين در بيانيه خود، ضمن دعوت از مردم برای رای به‌هاشمی رفسنجانی، از جمله نوشت:

هركس دل نگران ايران و اسلام است، امروز به وضوح می‌بيند كه جامعه ما در دوراهی انتخابی دشوار قرار گرفته است. انتخابات دور نهم رياست جمهوری به رغم بينش و گرايش خاص و اعمال نظرهای شورای نگهبان و تضييع حقوق برخی نامزدان زن و مرد می‌رفت كه با همبستگی و مشاركت ملی فراز جديدی از تجربه دموكراتيك را در ايران به نمايش گذارد. گسترش دامنه حضور و رقابت تا سطوح چمشگيری از نخبگان و آحاد مردم فرصت جديدی را برای كشور فراهم كرد تا هم از تهديدهايی كه در عرصه بين المللی با آن مواجه بود بكاهد و هم ظرفيت‌های تازه‌ای را در روند توانمندی شهروندان و كارآيی دولت به وجود آورد. متاسفانه در كمتر از دوروز شيرينی اين شور و شعورملی با حضور گسترده حزبی و سازمانی يك نهاد نظامی و هماهنگی شورای نگهبان به نفع يك نامزد خاص به تلخی گراييد و به اعلام نتايجی منجر شد كه نه با واقعيات اجتماعی و سياسی ايران سازگار بود و نه با حقوق اساسی شهروندان و نامزدهای ديگر. من در بيانيه 28 خرداد ماه خطر اين اقدام‌های غير قانونی را برای بركشيدن كانديدايی خاص اعلام كردم، جناب آقای كروبی نيز در مصاحبه و بيانيه‌ای صريح به اين مسئله اعتراض و جناب آقای‌هاشمی رفسنجانی نيز از آن انتقاد كرد.

من اعلام كردم كه آنچه رخ داد زنگ خطری برای دموكراسی نوپای ما و تهديدی عليه جامعه و نهادهای مدنی و حركتی به سوی انسداد راه اصلاحات و دفاع از حقوق مردم است، از اين رو بايد خطر از ميان رفتن نقش نهادهای انتخابی، حذف جمهوريت نظام و تلاشهای پيچيده و خزنده را كه سر از نظامی گری، اقتدارگرايی، خفقان سياسی واجتماعی و فاشيسم در می‌آورد، در سطح ملی جدی گرفت.

منطق موقعيت كنونی ايستادگی در برابر چشم انداز نگران كننده‌ای است كه فراروی كشور قرار گرفته است. وجدان عمومی در برابر انسداد سياسی، توقف اصلاحات و بازگشت تحجر و اقتدار گرايی حساس شده است. از اين روست كه از واكنش و شخصيت حقيقی خود می‌گذرم و به رغم آنكه متاسفانه تضمينی برای سلامت انتخابات در مرحله دوم هم نمی بينم اما برای مقابله با خطرات گوناگونی كه ايران عزيز را در سطوح ملی و بين المللی تهديد می‌كند اعلام می‌دارم در مرحله دوم شركت خواهم كرد و با رأی خود به خطر تحجر، خطر مرگ اصلاحات و خطر فاشيسم، "نه" خواهم گفت.

من با اصرار بر آنكه هيچ سهمی در آينده قدرت جز حق اساسی خود و همه شهروندان در استفاده از آزادی نخواهم خواست و تنها برای تشكيل "جبهه دموكراسی و حقوق بشر" برای توانمند سازی شهروندان و دفاع از حقوق فعالان سياسی، احزاب، گروهها ونهادهای مدنی، مطبوعات و اصناف خواهم كوشيد، با تكيه بر مرزها و نقدهای سياسی و اقتصادی و فرهنگی كه تاكنون داشته ام و از اين پس نيز خواهم داشت، در روز جمعه به جناب آقای‌هاشمی رفسنجانی رأی خواهم داد.

نمی توان و نه نبايد در برابر بر باد رفتن دستاوردهای دوره اصلاحات وانقلاب و تجربه‌های صدساله ملت توسط كسانی كه همه كار را می‌خواهند از صفر آغاز كنند،‌بی‌تفاوت ماند.

آغاز توقيف مطبوعات در اين روزها نشانه‌هايی از بينش و روش جريانی جريانی است كه به دموكراسی و اصلاحات باور ندارد و اگر پيشتر رود همه بنيان‌های دموكراسی را دركشور تهديد خواهد كرد . از آحاد ملت صميمانه می‌خواهم كه خطر بازگشت تحجر و خودكامگی را در اين ايام جدی قلمداد كنند.