حسن روحانی دبير سابق شورای عالی امنيت ملی در زمان رياست جمهوری محمد خاتمی، كه اكنون به همراه محمد خاتمی و هاشمی رفسنجانی، عضو شورای سه نفره مركز تحقيقات استراتژيك مجمع مصلحت نظام است، در يك مقاله صريح و بی پرده كه در نشريه وابسته به اين مركز انتشار يافت، كمی گوشه پرده ای را كه در پشت آن شديدترين اختلافات حكومتی پنهان است بالا زد. با آنكه او نام "علی خامنه‌ای” و احمد جنتی كه نقش تحريك آميز در سياست های اتمی و خارجی جمهوری اسلامی دارد را نيآورد، با توجه به مسئوليت و دخالت های بی امان و مستقيم اين دو و بويژه رهبر در سياست خارجی، مسائل اتمی، مسائل نظامی و مسائل امنيتی درجمهوری اسلامی، روی اصلی سخنان حسن روحانی بايد شخص رهبر و در مرحله بعد احمد جنتی باشد. حسن روحانی در مقاله خود نوشت:

تا كی بخش اقتصادی ما می‌خواهد، برای بخش سياسی و امنيتی يارانه پرداخت كند؟ آيا زمان آن نرسيده كه فضای كشور را عوض كنيم و اين همه يارانه برای اين فضا پرداخت نكنيم؟

 روحانی با اشاره به عملكرد خود در مذاكرات هسته‌ای گفت:

اروپايی‌ها در فناوری‌های هسته‌ای نيز به جز چرخه سوخت، به ما اعلام آمادگی كردند همه فناوری‌های هسته‌ای و تكنولوژی مدرن آن را در اختيارمان بگذارند و نيروگاه اتمی ساخت اروپا را نيز به ما بدهند. اينها همه در گذشته فضاهای ممنوعه بود.

وقتی اين موارد مطرح ‌شد، برخی در داخل عصبانی شدند و ‌گفتند: ما اينها را می‌خواهيم چه كار كنيم؟ تضمين سرمايه‌گذاری، روابط اقتصادی، فناوری‌های پيشرفته و نيروگاه اتمی به چه درد ما می‌خورد؟ و با تعبيرات موهن «هو» می‌كردند. می‌گفتند: شما بخشی از چرخه سوخت را تعليق كرده‌ايد تا اينها را بگيريد؟ اينها اصلا ارزشی ندارد. افكار عمومی را جريحه‌دار می‌كردند و به‌ گونه‌ای مطرح می‌نمودند كه گويی ما می‌خواهيم غنی‌سازی را كنار بگذاريم، در حالی كه مذاكرات كاملا روشن بود؛ اروپا حاضر بود، همه اينها را به ما بدهد، در برابر تأخير در شروع غنی‌سازی و نه كنار گذاشتن آن برای هميشه.  می‌خواهم بگويم، عده‌ای در كشور ما هنوز معتقدند كه فضا همچنان بايد امنيتی باقی بماند. برخی از اختلافات در كشور برمی‌گردد به اختلاف در مبنا، اختلافات گاهی عميق‌تر از اين حدی است كه مردم عادی می‌بينند. بايد بين انقلاب اسلامی و جمهوری اسلامی، يكی به عنوان اولويت نخست انتخاب شود. اگر بناست انقلاب اسلامی باشيم، رسالت بسيار بزرگی بر دوش داريم؛ يعنی ما انقلاب اسلامی هستيم و می‌خواهيم اين فرهنگ را در سطح منطقه و جهان اسلام نشر بدهيم و قاعدتا قدرت و ثروت خودمان را هم در سايه آن می‌بينيم و بر اين مبنا هر مقدار انقلاب اسلامی گسترش پيدا كند، به طور طبيعی بر قدرت و حتی ثروت ما هم افزوده خواهد شد، اما اگر می‌خواهيم جمهوری اسلامی ايران باشيم، رسالت اوليه و اولويت ما جمهوری اسلامی ايران است، پس بايد مسير ديگری را بپيماييم.

بنظر من، با اقتدار نظام جمهوری اسلامی ايران و تأمين قدرت و ثروت است كه به استحكام آن خواهيم رسيد و هدف محوری ما، حفظ اين نظام خواهد بود... در واقع، ما انقلاب كرديم تا به جمهوری اسلامی برسيم و ديگر نبايد به گذشته رجعت كنيم؛ پس ما هنوز روی برخی مسائل اساسی اختلاف نظر داريم.